地理標志和商標都是并列的特殊形態的知識產權。地理標志不僅從屬于人的創造力和勞動，同時還從屬于地域、氣候、水、土壤等自然條件；而商標只從屬于人，與自然條件無關。商標是區別商品不同特征的一種專用標志。標志可以注冊為商標，但標志決不等于商標，商標只是標志的一類。
地理標志與商標的區別是非常明顯的。
首先，商標制度無法解決地理標志的產權歸屬問題。如前所述，地理標志是一個地域的名稱，屬于這個地域共有，而不能屬于某個特定的企業或公民個人單獨享有。由地理、人文、歷史文化遺產組合構成的產品的無形資產應當由國家所有，這一地域的企業或組織只擁有其使用權。 商標本質上是一種私權利，可由個人或單個企業所有。如果把地理標志作為商標交由個人、單個企業或協會持有，就無法保證地理標志地域內的其他企業公平競爭，有可能會引起產權糾紛。
其次，商標無法保證地理標志產品特征的惟一性。地理標志在空間上，只從屬于特定的地域和特定的自然地理條件，具有惟一性，不允許任意轉讓和買賣。在時間上，地理標志具有永久性，只要自然地理條件不變，產品特性不變，法律制度不變，就可以繼續使用，甚至永久使用。而商標則不僅可以由任何廠商持有，而且可以跨地區、跨國進行買賣、轉讓、許可使用，不僅無法保護地理標志地域內企業的利益，而且還可能會造成產地誤導，侵害消費者的利益，更無法保證產品的質量和信譽。在時間上，商標的使用是有限制的，按有關規定，商標注冊有效期滿不申請續展的，商標將被注銷。
第三，在管理制度和方法上，商標制度無法保證產品的質量和信譽。商標注冊僅僅是一種權利人得到某種機關認可的聲明程序，如同婚姻登記并不保證愛情生活質量一樣，商標注冊登記本身也不保證產品的質量和信譽。而以法國為例的原產地域（地理標志）產品保護制度，顯然可以使產品的質量和信譽得到充分保障。通過制定法律、標準、技術法規、操作規程和運用檢驗、檢疫等手段，對原料生產、加工、制作到銷售進行全方位、全過程的監督管理，從而有效保證產品優良品質。在國際范圍的保護也是如此。如果作為商標，要保護就要到國外申請注冊，這不僅難以避免惡意搶注問題，而且會帶來保護成本高昂的經濟問題。地理標志按照《與貿易有關的知識產權協議》（TRIPS協議），由于其地理文化遺產的排他性，可在WTO成員國范圍內自動得到承認和保護。
第四，按照國際慣例，地理標志原則上不能用作注冊商標。TRIPS協議第23條第3款規定：如果申請注冊的商標中“含有誤導公眾對商品的真正來源地產生誤解”的地理標志，則成員應當依法拒絕其商標注冊的申請，已經注冊的商標則應當予以撤銷。
